Returns built-in chrom sizes for a given reference assembly
getChromSizes(refAssembly)A string identifier for the reference assembly
A vector with the chromosome sizes corresponding to a specific genome assembly.
getChromSizes("hg19")
#> chr1 chr2 chr3
#> 249250621 243199373 198022430
#> chr4 chr5 chr6
#> 191154276 180915260 171115067
#> chr7 chr8 chr9
#> 159138663 146364022 141213431
#> chr10 chr11 chr12
#> 135534747 135006516 133851895
#> chr13 chr14 chr15
#> 115169878 107349540 102531392
#> chr16 chr17 chr18
#> 90354753 81195210 78077248
#> chr19 chr20 chr21
#> 59128983 63025520 48129895
#> chr22 chrX chrY
#> 51304566 155270560 59373566
#> chrM chr1_gl000191_random chr1_gl000192_random
#> 16571 106433 547496
#> chr4_ctg9_hap1 chr4_gl000193_random chr4_gl000194_random
#> 590426 189789 191469
#> chr6_apd_hap1 chr6_cox_hap2 chr6_dbb_hap3
#> 4622290 4795371 4610396
#> chr6_mann_hap4 chr6_mcf_hap5 chr6_qbl_hap6
#> 4683263 4833398 4611984
#> chr6_ssto_hap7 chr7_gl000195_random chr8_gl000196_random
#> 4928567 182896 38914
#> chr8_gl000197_random chr9_gl000198_random chr9_gl000199_random
#> 37175 90085 169874
#> chr9_gl000200_random chr9_gl000201_random chr11_gl000202_random
#> 187035 36148 40103
#> chr17_ctg5_hap1 chr17_gl000203_random chr17_gl000204_random
#> 1680828 37498 81310
#> chr17_gl000205_random chr17_gl000206_random chr18_gl000207_random
#> 174588 41001 4262
#> chr19_gl000208_random chr19_gl000209_random chr21_gl000210_random
#> 92689 159169 27682
#> chrUn_gl000211 chrUn_gl000212 chrUn_gl000213
#> 166566 186858 164239
#> chrUn_gl000214 chrUn_gl000215 chrUn_gl000216
#> 137718 172545 172294
#> chrUn_gl000217 chrUn_gl000218 chrUn_gl000219
#> 172149 161147 179198
#> chrUn_gl000220 chrUn_gl000221 chrUn_gl000222
#> 161802 155397 186861
#> chrUn_gl000223 chrUn_gl000224 chrUn_gl000225
#> 180455 179693 211173
#> chrUn_gl000226 chrUn_gl000227 chrUn_gl000228
#> 15008 128374 129120
#> chrUn_gl000229 chrUn_gl000230 chrUn_gl000231
#> 19913 43691 27386
#> chrUn_gl000232 chrUn_gl000233 chrUn_gl000234
#> 40652 45941 40531
#> chrUn_gl000235 chrUn_gl000236 chrUn_gl000237
#> 34474 41934 45867
#> chrUn_gl000238 chrUn_gl000239 chrUn_gl000240
#> 39939 33824 41933
#> chrUn_gl000241 chrUn_gl000242 chrUn_gl000243
#> 42152 43523 43341
#> chrUn_gl000244 chrUn_gl000245 chrUn_gl000246
#> 39929 36651 38154
#> chrUn_gl000247 chrUn_gl000248 chrUn_gl000249
#> 36422 39786 38502